Kościół Ewangelicko-Augsburski w Polsce od początku swojego istnienia prowadził służbę diakonijną w poszczególnych parafiach. Posiadał liczne zakłady opiekuńcze, szpitale i ewangelickie diakonaty niosące pomoc potrzebującym.
W okresie międzywojennym działał – powstały z inicjatywy Matki Ewy von Tiele-Winckler – kompleks diakonijny „Ostoja Pokoju” w Bytomiu-Miechowicach. Również wówczas powstał w Dzięgielowie k. Cieszyna Diakonat Żeński „Eben-Ezer” i podległe mu zakłady opiekuńcze. Ich założycielem był ks. senior Karol Kulisz. W tym samym okresie ks. Zygmunt Michelis zorganizował drugi diakonat pod nazwą „Tabita”. Z jego inicjatywy rozwinęło się całe dzieło miłosierdzia w parafii św. Trójcy w Warszawie.
Okres powojenny, zmiana ustroju i polityka państwa, pozbawiły Kościół szpitali, sierocińców, ochronek dla ubogich, zakładów dla niepełnosprawnych, pozostawiając Kościołowi i diakonisom nieliczne już tylko domy opieki dla ludzi starszych. Służba diakonijna przybrała w tym okresie inny wymiar, rozwijając się w poszczególnych parafiach. Główny ciężar troski o potrzebujących spadł na parafialne koła odwiedzinowe, koła pań, grupy biblijne i modlitewne, Rady Parafialne czy też chóry. Niosły one i niosą nadal bezinteresowną pomoc ludziom potrzebującym w parafii oraz poza nią.
W 1992 roku Synod Kościoła podjął uchwałę zobowiązującą do powołania w każdej diecezji diecezjalnej komisji ds. diakonii. Zadaniem komisji jest koordynowanie i inspirowanie działalności parafialnych komisji ds. diakonii, skupiających w swej służbie dotychczasowych współpracowników działających w różnych grupach parafialnych. Od kilkunastu lat istnieje także Synodalna Komisja ds. Diakonii. Diakonia Kościoła jest organizacją pozarządową, 10 lutego 1999 r. uzyskała osobowość prawną Rozporządzeniem Ministra Spraw Wewnętrznych i Administracji (Dz.U. Nr 20, poz. 178). Organizacja działa na terenie całego kraju.