W sytuacji wojny i masowej ucieczki ludności cywilnej przed działaniami zbrojnymi jedną z najważniejszych potrzeb jest zapewnienie uchodźcom bezpiecznego transportu do miejsc schronienia. Szczególnie na początku konfliktu, gdy granice Ukrainy przekraczało kilkadziesiąt, a czasem nawet ponad sto tysięcy osób dziennie, konieczna była organizacja dla nich sprawnego transportu. Diakonia Polska we współpracy z partnerami polskimi i zagranicznymi skoordynowała przejazd uchodźców do Polski, jak i innych krajów.
W organizacji transportów uchodźców Diakonia Polska współpracowała z Ewangelickim Duszpasterstwem Wojskowym, Kościołem Ewangelicko-Augsburskim w Polsce, Mediterranean Hope, a także innymi partnerami.